Le rapport annuel de la Cour des comptes critique vertement un système "opaque" de congés officieux en vigueur chez les contrôleurs aériens, qui ne travailleraient qu'une centaine de jours par an, ce qui pourrait poser des problèmes de sécurité.
L'organisation théorique du travail des contrôleurs aériens est la suivante : trois jours de travail, puis trois jours de repos, soit "un jour de travail sur deux", relève la Cour. Un "acquis considéré comme essentiel par les syndicats", reconnaît le secrétaire d'État aux Transports.
Le magazine Le Point précise que sur l'année un contrôleur français dispose de "97 jours de congés ou de repos", soit 5 semaines de plus que les contrôleurs d'Eurocontrol, l'organisme européen du contrôle aérien.
La cour s'émeut également ajouter du système des "clairances". Ce sont des autorisations d'absence officieuses. La Cour parle d'un phénomène "massif" qui abaisse considérablement le nombre d'heures de travail effectif des contrôleurs. Ainsi, au cours de l'année 2008, selon elle, les contrôleurs auraient travaillé 99 jours, journées de formation incluses. Soit "56 jours d'absence officieux (l'équivalent de 11 semaines) en plus des 97 jours de congés ou de repos officiels (20 semaines).